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jueves, agosto 31, 2006

Operación Threshold: ADN de triple hélice

Como lo prometido es deuda, hoy comentaré otro de los pilares argumentales de la serie de TV, Operación Threshold. Recordaréis que el argumento principal de la serie consiste en una extraña señal acústica que emite un artefacto alienígena, y que quien lo escucha sufre una mutación de forma que su ADN pasa de ser una doble hélice a una triple hélice. Seguro que sorprenderá a muchos, pero una ADN de triple hélice no es una imposibilidad. Se ha obtenido en laboratorio, e incluso se ha observado en la naturaleza, como producto intermedio de un proceso de una bacteria que habita en los intestinos (la E. coli). Sin embargo su estructura no es como nos la pintan en la serie.

Empecemos por entender qué es el ADN. Supongo que todos sabréis que ADN son las siglas de Ácido DesoxirriboNucleico. Pero ¿qué significa esto en realidad? Bien, comencemos por lo más básico: la desoxirribosa. Esquema de una molécula de desoxirribosa¿Qué es eso? La desoxirribosa es una pentosa, esto es, un monosacárido formado por cinco átomos de carbono. Su fórmula química es C5H10O4. Su disposición tiene forma pentagonal, estando 4 carbonos y un oxígeno en los vértices del pentágono. El quinto carbono se haya unido a uno de los carbonos del pentágono, formando como una ramita, y a su vez tiene un grupo OH. Los otros dos oxígenos también forman parte de sendos grupos OH, unidos a dos carbonos del pentágono. Numeremos los carbonos, ya que nos será útil después. En la representación de la molécula de desoxirribosa que podéis ver, el carbono 1 será el que está en el vértice superior derecho (a la derecha del vértice del oxígeno), y seguiremos en sentido de las agujas del reloj, de forma que el carbono 4 es el que está a la izquierda del vértice oxígeno, y el 5 el de la ramita.

Sigamos con otro tipo de molécula: las bases nitrogenadas. ¿Y esto qué es? Una base nitrogenada es otro compuesto orgánico cíclico, esta vez con varios átomos de nitrógeno. Existen dos tipos: las pirimidínicas, basadas en la pirimidina, que tiene disposición hexagonal; y las púricas (o purínicas), basadas en la purina, que tiene dos ciclos, uno hexagonal y el otro pentagonal. Existen 5 bases nitrogenadas: 2 púricas y 3 pirimidínicas. Las dos púricas son la adenina (representada por A) y la guanina (G). Las tres pirimidínicas son la timina (T), la citosina (C) y el uracilo (U). Éste último no nos interesa, ya que no forma parte del ADN, sino del ARN (ácido ribonucléico).

Bien, nos queda un último componente por ver: el ácido fosfórico. Éste es un compuesto de fórmula H3PO4. Si recordáis la química del colegio, un ácido se puede combinar con una base, obteniendo como resultado una sal y agua. En el caso del ácido fosfórico, obtendríamos un fosfato (cuyo anión es PO43-).

Vale, tenemos la desoxirribosa, las bases nitrogenadas y el ácido fosfórico. ¿Y ahora? Pues si al grupo OH del carbono 5 de la desoxirribosa (es decir, el que está en la ramita) le enganchamos una o más moléculas de ácido fosfórico (perdiendo hidrógenos y convirtiéndose en fosfatos), y al carbono 1 (el que está unido al vértice de oxígeno y que no está unido al de la ramita) le enganchamos una base nitrogenada cualquiera, tenemos un nucleótido. Esquema de una doble hélice de ADN, con sus nucleótidosLos nucleótidos son los ladrillos de la molécula de ADN. Éstos se unen entre sí mediante los fosfatos, formando una estructura helicoidal. Además, estas estructuras se unen de dos en dos, mediante puentes de hidrógeno en las bases nitrogenadas, formando la famosa doble hélice. Es muy importante destacar que no todas las uniones de bases nitrogenadas están permitidas. Sólo pueden formarse las parejas A-T, y G-C. Es inmediato deducir que una molécula de ADN tendrá el mismo número de adeninas que de timinas, y el mismo número de guaninas que de citosinas, y además, tendrá el mismo número de bases purínicas (A y G) que de pirimidínicas (T y C).

Esta molécula, como todos sabéis, forma parte de los cromosomas, y del famoso genoma. Como curiosidad, el genoma humano tiene alrededor de 3.000 millones de pares de bases.

Una vez entendido cómo es la doble hélice de ADN, vamos a ver cómo sería la triple hélice (llamada ADN-H). Diagrama de los enlaces de una triple hélice, con una tercera cadena de pirimidínicasImaginemos una doble hélice normal y corriente (llamada ADN-B). Ahora cogemos una tercera cadena y la unimos a una de las otras dos, también mediante las bases nitrogenadas. Es decir, una de las cadenas de la doble hélice, estaría enganchada a otras dos cadenas, pero siempre por las bases nitrogenadas. Los enlaces entre esta cadena y la cadena extra no son iguales que los que existen entre las dos cadenas de la doble hélice original.

Existen dos posibles configuraciones. En una de ellas, la tercera cadena está formada por las bases pirimidínicas T y C (en realidad, es una C+, pero esto es largo de contar y de momento no es necesario saberlo), que se unen a las bases A y G respectivamente, de la otra cadena. Los trios resultantes se denominan T·A-T y C+·G-C. Los guiones representan enlaces de hidrógeno normales (llamados Watson-Crick), y los puntos representan los enlaces extra (llamados Hoogsteen). En la otra configuración, la terecera cadena está formada por las bases purínicas T, A y G, que se unen a las bases A y G de la otra cadena. Diagrama de los enlaces de una triple hélice, con una tercera cadena de purínicas¿Cómo? Sí, en este caso las A y las G se unen entre sí, mediante los llamados enlaces Hoogsteen inversos, además de poder formarse también un par TA. Los trios resultantes son A·A-T, G·G-C y T·A-T.

Bueno, parece un poco lioso pero lo importante es darse cuenta de que en una triple hélice, las tres cadenas están unidas entre sí mediante sus bases nitrogenadas, y que cada nucleótido tiene una única base. En cambio, la triple hélice que se nos muestra en la serie, y que podemos ver muy bien en el primer episodio, en una animación tridimensional en un ordenador, tiene una cadena central, a las que se le unen las otras dos. Y cada cadena lateral se une a la central por extremos opuestos, de forma que cada nucleótido de la cadena central tendría dos bases (cada una para unirse con el nucleótido correspondiente de las otras dos cadenas). Y esto sí que no puede ocurrir.Fotograma del primer episodio de Operación Threshold, en el que se ve una animación por ordenador de una triple hélice

Otro detalle a tener en cuente es cómo transformar un ADN de doble hélice en uno de triple, porque ¿de dónde salen los nucleótidos de la tercera cadena? ¿Son nucleótidos de las otras dos? en ese caso la nueva hélice sería mucho más corta, ya que habría que quitar nucleótidos a las dos cadenas originales para formar la tercera. Y si no ¿de dónde salen ese 50% extra de nucleótidos? ¿De otras moléculas? ¿De la nada? Habrá que suponer que del sonido :-)

27 comentarios:

  1. Muy interesante, precisamente una de las posibles técnicas que se están planteando para el control la expresión génica es la producción de ADN de triple hélice. Al añadir una hélice extra al ADN normal en un segmento determinado se puede bloquear su expresión, es decir, que en última instancia no produzca proteínas. Si tenemos un determinado gen anómalo que no queremos que se exprese, bloquearlo con otra helice de forma específica por complementariedad de bases sería lo ideal.

    El problema está, de forma general, en introducir esa triple hélice en el ADN de la persona y la otra, más específica, asegurar que la estructura sea estable. De momento, todo experimental :)

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  2. No sé si hay un pequeño lio al principio o es que yo estoy muy dormido todavía. En la descripción de la desoxirribosa dices que "el carbono 1 será el que está en el vértice superior derecho (a la derecha del vértice del oxígeno)", con lo cual siguiendo el sentido de las agujas del reloj el 4 sería la "ramita" y el 5 el vértice del oxígeno, ¿no?, pero eso no coincide con lo de "y el 5 el de la ramita".

    El resto no me lo he leído todavía, necesito al menos un par más de cafés, pero sin duda es el post de Malaciencia al que más esfuerzo hay que dedicarle, al menos para los que no nos acordamos de nada de esto.

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  3. No he entendido nada... @_@

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  4. Cachis diez, con lo bien que iba hasta que hemos llegado a la triple hélice.
    Ahí me he perdido con los nuevos tipos de enlace. Intuitivamente (para mí, que dejé la química en primero de carrera) si la cadena doble es estable, es decir, los enlaces entre dos bases nitrogenadas complementarias están completos y no nos quedan iones por ahí ¿cómo metemos en el ajo otra base para enganchar otro nucleótido? Las dos bases enlazadas no van a querer ser sus amigas.
    Los enlaces de hidrógeno no me parecen nada pedagógicos y creo que seríamos mucho más felices sin ellos, maldita química orgánica.

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  5. Alf, como siempre me dejas pasmado, pero el problema (para mí), es que me has dejado pasmado en un campo que creí conocer (soy biólogo). Bueno, en realidad no es un problema, y de hecho te agradezco que me hayas presentado la maravillosa triple hélice, la cual desconocía (echaré la culpa a mis profes de genética). Por otro lado tengo la excusa perfecta, y es que desde pronto me desligué de la genética y me metí en el también maravilloso mundo de los artrópodos ;)
    Lo que dice Shora me lo he imaginado al leer el artículo. Así como es posible la creación de triples hélices, en éstas no pueden entrar las moléculas encargadas de la transcripción ni duplicación del ADN. Además de los posibles problemas de estabilidad, como señala Shora.
    ENtrando en el problema de la serie de TV, además de la incógnita del origen de las bases extras, está la íncógnita del origen de la superfuerza y superpoderes que les dá a los individuos con triple hélice. Si la triple hélice no se puede transcribir, ¿de donde sale la superfuerza?. De hecho estos individuos afectados deberían comenzar de inmediato una degeneración del cuerpo que terminaría en una muerte rápida debido a la imposibilidad de regular su cuerpo por no poder producir proteinas o enzimas.

    Saludos,

    Nelor

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  6. Anda, pues no había visto la serie y no sabía que conseguían superfuerza (pensaba que degeneraban o algo así xD). Pero si se producía una triple cadena a lo largo de todo el ADN morirían al poco tiempo como tú dices, Nelor.

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  7. Quizá es la ADN polimerasa modificada (no-se-sabe-cómo) quien se encarga de tejer la tercera hebra de ADN durante la replicación de este, previo a la división celular.
    Y a la hora de la expresión génica para la biosíntesis de esas proteínas que les dan todos esos poderes maravillosos, pues... no sé, es que el guion hace aguas por donde lo mires.

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  8. Una pregunta. Creo que has visto Galactica (la nueva). En la segunda temporada, comparando la sangre Cylon y humana, explica Baltar que la hemoglobina tiene formas distintas en amboas especies (creo que hexagonal y pentagonal).

    Sin intención de desvelar spoilers al respecto, me interesaría saber si eso es posible, y, entonces, como es que el proceso para detectar Cylons dura tantas horas. Y lo de las propiedades milagrosas de la sangre híbrida Cylon-humana

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  9. Lo mejor de todo es que la señal es en teoria un modelo matematico de esa triple helice en 3D asi que claro nuestro cuerpo tan acostumbrado a interpretar graficos 3D empieza a transformar su ADN por el procedimiento habitual xDD
    Josealb

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  10. Solo una apreciación:
    En el esquema que muestras de la forma en que se enlazan las bases, la representación de las bases estan equivocadas. A la A corresponde la forma de la G, y a la G la de la A, con sus correspondientes cambios en la T y C.

    Ya se que es sólo una representación, pero creo recordar que esta es la forma oficial de hacerlo.

    Para mas información:

    home.tiscali.be/jp.boseret/adn.jpg

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  11. En la pelicula "El quinto elemento" recostruyen a la alienigena a partir de restos organicos hallados "nosedonde". En el proceso de reconstrucción, explican que su ADN es más complejo que el humano porque posee nosecuantas cadenas. Tambien aparece una imagen de esa hélice.

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  12. Mh. Se me ocurre (ya puestos a entrar en el terreno de la ficción) que el material para construir la nueva cadena podría sacarlo de los trozos de "basura" que existen ya en nuestro ADN.

    Que yo sepa, aunque se está investigando su función como reguladores de la expresión genética, todavía no se sabe qué hacen ahí exactamente. Los guionistas podrían sacarse de la manga eso sin encharcarla demasiado, supongo.

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  13. Está genial igual que todo lo que hay en este blog. La verdad me apasiona la ciencia, domino más lo relacionado con el cuerpo humano y medicina pero me informo de todo. Esto si que es algo decente que merece la pena prestarle atención y no la basura que hay por la tele, las noticias de todos los dias, manipuladas y partidistas. Eres un crack animo.

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  14. Ahhh ... a este post si que no le entro con ganas porque nada mas veo algo con tendencia a quimica y me da rash ...

    Por cierto, hoy es el Dia del Blog y se convocaba a poner un post promocionando a otros 5 blogs ... jeje, claro que puse a ESTE entre mis preferidos.

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  15. Esa cadena, al menos yo lo veo así, es absurda. No porque no pueda existir. Suponiendo que exista, ¿qué ventajas tiene respecto a una doble cadena?. Los aminoácidos se polimerizan en función de trozos de 3 nucleótidos. No recuerdo si en la síntesis de proteínas intervenía en ADN o el ARN. Sea como sea, la tercera cadena no sirve de nada, ya que para empezar tiene la misma información que las otras dos. La diferencia es que en vez del positivo, es el negativo (o a la inversa, es igual). Y lo más importante, la información del ADN se traduce "a lo largo", y no "a lo ancho". Da igual que sean pares de bases o tripletes de bases. Se lee solamente una cadena. Y cada 3 nucleótidos leídos en el ribosoma, se une un aminoácido determinado a la proteína.

    Lo de la triple hélice es más bien un artefacto curioso para que la gente que ve la serie diga "aaaaah, es una hélice triple".

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  16. Enhorabuena por tu entrada sobre la triple hélice (y sobre el ADN en general claro) pero me gustaría hacer algún comentario pues no acabo de entender tus preguntas del último párrafo.

    Cuando se sintetíza una nueva cadena de ADN (o ARN) no es necesario "desmontar" otra parte del ADN. Como bien has explicado las cadenas de ácidos nucléicos se construyen a partir de nucleótidos, los cuales a su vez estan formados por una base nitrogenada, una aldopentosa (un monosacárido) y ácido fosfórico. La primera proviene de una ruta asociada al metabolismo de nitrógeno, que a traves del metabolismo de las proteínas recicla algunos aminoácidos (glicina, glutamina, aspartato y tetrahidrofolato). Una vez formada se une al azucar, una ribosa-5-fosfato (via la ruta de las pentosafosto) al tiempo que se fosforila. Esta última pieza, el ácido fosfórico, es el elemento limitante en las células vivas (especialmente en bacterias) pues se toma del medio y se almacena en las células dejando poco libre para las reacciones.

    Además de en la síntes de ADN y ARN, las purinas (otro nombre para esta moléculas) intervienen en numerasas reacciones de metabolismo celular en las que, con diferentes grados de fosforilacion (ATP, ADP, AMP y lo mismo para G, T, U, C...) funcionan con transmisores de grupos fosfato (enlaces muy energéticos) en reacciones de necesitan o generan energía (en forma de reacciones de reducción oxidación).

    Por último algunas de estas moléculas también intervienen en la señalización celular (el AMP cíclico) y en la regulación metabólica.


    En cuanto a la función de la triple hélice (no es correcto hablar de utilidad o ventajas en procesos biológicos) no es muy bien conocida hasta donde yo he leido, aunque se ha progresado mucho en los últimos años. En el caso que nos ocupa, la serie de televisión, haciendo de abogado del diablo podría imaginar que la formación de triple hélice alteraría la expresión génica al hacer el ADN inaccesibles a las polimerasas. Cuando una célula no está dividiéndose, su ADN contiene regiones plegadas formando estructuras complejas que impiden a las polimerasas decodificar su secuencia y, por tanto, esa región del ADN no se traduce ni transcribe a ARN ni proteínas. La formación de la triple hélice podría alterar ese patrón de empaquetado ocultando regiones que antes se expresaban y dejando nuevas regiones al descubierto que ahora sí se expresarían (poco coherente al tratarse de una extructura también extraña a la maquinaria de expresión).

    En cualquier caso la triple hélice no es una mutación (esto es, un cambio en la información contenida en el ADN que se puede transmitir a la descendéncia celular) ya que durante el proceso de división celular esta estructura tendría por fuerza que abrirse para permitir la duplicación de las hebras de ADN. Este cambio estaría más bien detro de lo que ahora se conoce como cambio o modificaicón epigenética.

    Perdonad por el sermón de bioquímica y biología molecular pero llevo tiempo siguiendo este blog (enhorabuena Alf) y me he animado con una entrada que toca tema de trabajo (más o menos).

    Un saludo,

    Ant
    Un cerebro fugado... en fuga... o fugaz? (nunca lo tuve claro).

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  17. Aparte de todo lo que se ha dicho sobre lo negativo de los efectos de una triple hélice, hay un pequeño detalle que ha introducido ant que es lo primero que he pensado: con lo caros que salen el fósforo y el nitrógeno a las células, y no sólo a las bacterias ¿no es absurdo tirar uno de los "moldes" cada vez que se replique cada cromosoma? No lo olvidemos, las hélices son impares, un molde de los tres se tiene que desperdiciar por narices, aunque sea en trocitos. Ése no va a formar parte del DNA replicado.

    Absurdo desperdicio de recursos y material celular (deben de padecer de ácido úrico, con tanto metabolismo de ácidos nucleicos), inestabilidad del ADN, rigidez de los cromosomas (y vaya pedazo cromosomas, empaquetados ¿cómo?), follón para telomerasas, polimerasas, topoisomerasas y muchas más asas... y todo para dar RNA y proteínas, como todos los genes... no me extraña que tengan que tener superpoderes a cambio. No es efecto sino compensación :P

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  18. Censor ha dado en el clavo. Una triple (o cuatriple o quíntuple) hélice sirve poco, ya que la información que necesitan las polimerasas para trabajar está en una sola hebra. La triple hélice afectaría a la condensación de la hebra.
    "Quizá es la ADN polimerasa modificada (no-se-sabe-cómo) quien se encarga de tejer la tercera hebra de ADN durante la replicación de este, previo a la división celular."
    Si lo que se modifica por la onda sonora es la polimerasa para que pueda leer un ADN de doble cadena y luego formar un ADN de triple lo tenemos igual de chungo, pues ¿como lee despues el ADN de triple cadena?
    En fin, esto es buscarle los 3 pies al gato. Lo que no puede ser, no puede ser y además es imposible ;P

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  19. Recuerdo un comic de Superman de los 90, en el que despues de la supuesta muerte del protagonista, unos cientificos trataban de clonarlo. En el proceso descubrian que el ADN kriptoniano tenia una triple helice, y por eso les resultaba imposible de clonar con las tecnicas normales. Una fantasmada tan buena como cualquier otra para indicar que el ADN de Superman es "super"y por tanto "mas ADN" que el de los simples mortales. Los guionistas de esta serie debieron leer este comic y pensaron "triple helice = superpoderes"

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  20. Iba a exponer la misma critica al articulo que ha escrito Ant...Los nucleotidos estan "disponibles" de forma natural en la célula, no habría que desmontar las otras cadenas de ADN para montar la tercera. Esa parte desluce muchisimo el articulo, casi es tan ridículo como suponer que un ser humano puede sobrevivir con todas sus dobles hélices convertidas en triples.

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  21. Vaya que bonito. Una pagina de super freakis.
    Que parte de la frase "serie de ciencia ficción" es la que no habeis entendido????
    Me da bastante igual cientificamente sea posible que exista una triple helice o no.
    O acaso era cientificamente posible que Freddy Kruger, matara en los sueños después de haber sido quemado en la vida real?
    Y alien, era cientificamente posible?
    Y en los angeles de charlie, es posible que vuelen y luchen como lo hacer?

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  22. Sobre lo que comentan Ant y Angainor, la verdad es que mi fuerte no es la bioquímica. Pero pienso que en la serie, la mutación ocurría relativamente rápida, como cosa de unas horas, y afectaba a todas las células del cuerpo. ¿Hay suficiente "materia prima" disponible en el organismo como para incrementar en un 50% la masa de todo el ADN presente en el cuerpo?

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  23. Que parte de la frase "serie de ciencia ficción" es la que no habeis entendido????

    Tal vez la palabra ciencia.

    O acaso era cientificamente posible que Freddy Kruger, matara en los sueños después de haber sido quemado en la vida real?

    Es que Pesadilla en Elm Street no tiene nada que ver con la ciencia ficción. Es terror fantástico.

    Y alien, era cientificamente posible?

    Pues la verdad es que lo único que dudo es sobre ese ácido como sangre. Por lo demás...

    Y en los angeles de charlie, es posible que vuelen y luchen como lo hacer?

    Más bien no. Y tampoco tiene nada que ver con la ciencia ficción (además de ser malísima)

    Veo que hay gente que tiene un pequeño error de concepto. Veamos:

    CIENCIA FICCIÓN DISTINTO DE FANTASÍA.

    Star Trek es Ciencia Ficción.

    El Señor de los Anillos no es Ciencia Ficción.

    2001 es Ciencia Ficción.

    Supermán no es Ciencia Ficción.

    Casi diría que Star Wars no es ciencia ficción, sino fantasía espacial. Pero es un eterno debate no exento de polémica, en el que no me termino de decantar.

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  24. Alf dijo: ¿Hay suficiente "materia prima" disponible en el organismo como para incrementar en un 50% la masa de todo el ADN presente en el cuerpo?

    A priori pienso que en un adulto sano y con un peso normal no habría problemas de recursos para duplicar el ADN celular (otra cosa sería duplicar todas las células). No en vano en nuestro cuerpo en condiciones normales hay ciertos tejidos que están en continua regeneración y, por tanto, duplicando su ADN con cada mitosis. Como ejemplo los distintos epitelios: La piel cada 28 días más o menos, el epitelio del intestino. También las células nucleadas de la sangre, esto es los linfocitos. Y en el caso de hombres, el epidídimo y las células que producen los espermatozoides.

    De todas formas, ya relacionandolo con la serie, en un capítulo recuerdo que una afectada por una grabación en un contestador automático se ponía morada de comer y lo justificaban con la necesitdad por el aumento de masa corporal y fuerza muscular.

    Un saludo,
    Ant

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  25. hola, soy nueva por aquí y no tengo ni idea de todos estos temas, pero he oido que hay personas que ya tienen la famosa triple hélice, e incluso que hay niños que nacen hasta con siete. Dicen que como vamos a entrar en el cinturón fotónico, el ser humano es tá mutando para adaptarse a las nuevas condiciones del mundo en el que viviremos a partir del 2012. Se está haciendo daño a personas concretas, creo, con estas historias, me gustaría saber si hay algo de verdad, pero vuestras explicaciones se me quedan grandes.
    Gracias por la atención, si lees este mensaje.

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  26. ¿De donde sacaste eso de las helices?

    Por otro lado, el 2012 es uin ao obsoleto, pues ya no están los mayas aquí como para notar el cambio de cultura.

    ¿Cinturón fotónico? !Por los calzoncillos de superman!

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  27. Pues del departamento de medicina ortomolecular de Cambridge....
    Me gustan los calzoncillos de superman, je, je...

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